Lightbox Position

yes – there is just this calculation to determine the middle of the height. And these heights that are calculated are much too high on your lightboxes.
You could now set the position to top to make it temporarily visible.

My assumption is therefore that a plugin is involved here.
Therefore, I would first test now: Turn off all plugins and also turn off the merging. Then check if the lightbox works.
If yes – activate the plugins again step by step, and check each time when this miscalculation takes place. Possibly then the causer shows up.

Or: What I also noticed is that you have all the latest versions, but still have jQuery Migrate enabled. Try turning that off. ( in the options of Enfold – Performance).

If we don’t find a solution with this, you can temporarily make this setting in Quick css:

.mfp-content {
    vertical-align: top !important;
}

Different Approach
Wenn wir die Pfeile innerhalb des content containers setzen laufen Sie ja mit der Verschiebung.
Dazu müsstest du dies hier in die child-theme functions.php setzen:

function popup_arrows_change() { 
?>
<script type="text/javascript">
(function($){
$(window).on('load', function(){
    $('.av-masonry-entry.lightbox-added').magnificPopup({ 
	    type: 'image',
	    mainClass: 'avia-popup mfp-zoom-in mfp-image-loaded',
	    closeOnContentClick: false,
	    midClick: true,

	    gallery: {
	      enabled: true
	    },

	    callbacks: {
	      buildControls: function() {
	        // re-appends controls inside the main container
	        this.arrowLeft.appendTo(this.contentContainer);
	        this.arrowRight.appendTo(this.contentContainer);
	      },
	    },

  	}); 
});
})(jQuery);
</script>
<?php }
add_action('wp_footer', 'popup_arrows_change');

und das ins quick css:

.mfp-arrow {
  margin: 0 -90px;
  margin-top: -55px;
}

.mfp-arrow:active {
    margin-top: -55px;
}

ABER: Wichtiger – richtiger wäre den Fehler zu finden.

die einfachste Methode funktioniert auch : im Backend – deaktivieren
das bootstrap scheint über dein Mobile.de zu kommen. Sollte es daran liegen, musst du wahrscheinlich dann die “Krücke” verwenden.
Denn darauf wirst du ja nicht verzichten können.

Eine andere Idee noch: wo lädst du das jQuery ; bei Enfold gibt es ja unter Leistung die Einstellung es im Footer zu laden, was zwar eventuell die Ladezeit einer Seite verringert, aber auch zu Problemen führen kann wenn die Reihenfolgen dann nicht eingehalten werden.
Versuch doch mal das jQuery im Header zu laden.